Во-первых, "тот" запах дают по преимуществу грибки. Во-вторых, Вы правы - всё равно фиг избавишься, что от бактерий, что от грибков.
В-третьих, препараты тоже помогают на короткое время, и потому в-четвёртых: подсушивание как способ предотвратить вонь кондиционера - вполне приемлемое на практике решение. Более того, во многих кондеях такой режим реализуется сразу, в алгоритмах управляющих мозгов. Даже домашний - выключаешь, а он ещё минут пять молотит, вентилирует, просушивается.